შოთა დოღონაძე 1999 წლიდან კითხულობს ლექცებს საქართველოს სხვადასხვა უმაღლეს საწავლებელში . მისი ხელმძღვანელობოით შეიქმნა სახელმწიფო მართვის მიმართულების საუნივერსიტეტო განათლების კონცეფცია.არის განათლების ხარისხის განვითარების ეროვნული ცენტრის ექსპერტი. არის საქართველოს საინჟინრო აკადემიის წევრი, არჩეულია ღია დიპლომატიის ასოციაციის პრეზიდენტად. 2006 წლიდან გამოდის სამეცნიერო ჟურნალი "ხელისუფლება და საზოგადოება (ისტორია, თეორია, პრაქტიკა), რომლის დამაარსებელია და უცვლელი მთავარი რედაქტორი.

მისი ხელმძღვანელობით შემუშავებულ იქნა მოქმედ სახელმწიფო მოხელეთა დახელოვნებისათვის 6 თვიანი სასწავლო კურსი და განხორციელდა  დისტანციური სწავლების მეთოდით .

არის ბოლონიის პროცესის მხარდამჭერი ჯგუფის წევრი, სხვადასხვა საერთაშორისო  კონგრესის მონაწილე   საქართველოს დელეგაციის ხელმძღვანელი უმაღლესი განათლების საკითხებთან დაკავშირებულ იუნესკოსა და ევროპის საბჭოს ლისაბონის ერთობლივ სხდომაზე იუნესკოს განათლების ქვეკომიტეტის სამუშაო სექციის თავმჯდომარე. არის 2 უცხოეთში გამომავალი სამეცნიერო ჟურნალის რედკოლეგიის წევრი.